De molukse gemeenschap in Nederlands is altijd wel goed georganiseerd geweest. Direct na de komst van de grote groep Molukkers in Nederland in 1951 waren er voornamelijk kerkelijke en politieke organisaties. Vanaf de jaren zeventig en tachtig van de vorige eeuw zijn daar de lokale welzijnsstichtingen bijgekomen. Hiernaast waren er verschillende landelijke Molukse belangenorganisaties. zoals het Landelijk Steunpunt Educatie Molukkers, Tjandu en Gabungan. De meeste van deze organisaties zijn inmiddel wegbezuinigd.

ARQ Nationaal Psychotrauma Centrum is een groep van instellingen en organisaties die zich bezighoudt met de gevolgen van schokkende gebeurtenissen en psychotrauma. Sinds begin 2017 is ARQ gestart met het ARQ Kenniscentrum Migratie, die dit project coördineert. De partners in ARQ bundelen krachten voor optimale psychosociale ondersteuning van vluchtelingen, (ex-) asielzoekers en migranten.

Een van de voorstellen die in het kader van de regeling Collectieve Erkenning voor dit jaar is gehonoreerd is het project 'Oorlogserfgoed WO2 Molukken en Papua' van de stichting Kosmopolis Utrecht. Doel van het project is om verschillende locaties in beide gebieden waar zich gebeurtenissen in de Tweede Wereldoorlog hebben afgespeeld, in kaart te brengen en die op te nemen in een interactieve kaart. Een klik op de knop moet dat het verhaal, afbeeldingen, eventueel aanwezig audiovisueel materiaal en bronnen in beeld brengen. Ook zal een reizende tentoonstelling worden samengesteld. 

Tegenwoordig is steeds vaker te horen dat de geschiedenis van Nederlands­ Indië/Indonesië moet worden "gedekoloniseerd". Hiermee wordt bedoeld, dat de geschiedenis niet slechts bekeken moet worden van de kant van de kolonisator (Nederland), maar ook vanuit het perspectief van de gekoloniseerde (Indonesië). De geschiedenis van de Molukkers in Nederland is zo goed als helemaal een uitvloeisel van hun nauwe band met (christelijk) Nederland.